วันหนึ่งฉันเจอเพนกวิน บอกเล่าเรื่องราวของ อาโอยามะ (คานะ คิตะ) เด็กหนุ่มชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ที่มีนิสัยจดบันทึกทุกอย่างที่เขาพบและสงสัยลงบนสมุด เขามีความลับอย่างหนึ่งที่ไม่สามารถบอกใครได้ นั่นก็คือเขามีความรู้สึกบางอย่างต่อพี่สาวคนหนึ่ง (ยู อาโออิ) ที่เป็นผู้ให้คำปรึกษาทางทันตกรรม ซึ่งแม้แต่ตัวเขาเองก็อธิบายความรู้สึกนั้นไม่ได้
แต่แล้วในวันหนึ่งเขาก็พบกับเรื่องประหลาดอย่างหนึ่งที่ไม่น่าจะเกิดขึ้นในเมืองของเขา “เพนกวิน” จำนวนมากได้มาปรากฎตัวที่เมืองของเขา ทั้งที่เมืองนี้ไม่ได้อยู่ใกล้กับทะเลเลยแม้แต่น้อย และสิ่งที่ทำให้เขาประหลาดใจไปยิ่งกว่านั้นก็คือ เมื่อไรก็ตามที่พี่สาวคนนั้นโยนกระป๋องโซดาออกไป สิ่งที่ตกลงมากลับไม่ใช่กระป๋อง แต่มันกลับเป็น… เพนกวิน !