บทอวสานอันระทึกใจของภาพยนตร์ไตรภาค The Matrix ตำนานสงครามระหว่างมนุษย์และเครื่องจักร ซึ่งดำเนินมาอย่างดุเดือดเข้มข้นและอึกทึก… กองทัพแห่งไซออน ซึ่งได้รับความช่วยเหลือ จากพลเรือนอาสาสมัครที่หาญกล้าอย่าง ซี (โนน่า เกย์) และ เดอะคิด (เคลย์ตัน วัตสัน) ที่เข้าร่วมการต่อสู้อย่างเข้าตาจน เพื่อหยุดยั้งการรุกรานของเซ็นติเนล ในขณะที่กองทัพเครื่องจักร บุกทะลวงเข้าสู่ที่มั่นของพวกเขา
และเมื่อต้องเผชิญกับการทำลายล้างอันโหดร้ายในครั้งนี้ บรรดาพลเมืองแห่งปราการสุดท้ายของมนุษยชาติ มิได้เพียงต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดเท่านั้น แต่พวกเขายังทำเพื่ออนาคตของมวลมนุษย์อีกด้วย แต่ทว่าองค์ประกอบซึ่งไม่รู้ถึงที่มา กลับเป็นตัวบ่อนไส้กองทัพเสียเอง : โปรแกรมลวง สมิธ (ฮิวโก้ วีฟวิ่ง) ผู้ได้กระทำการอย่างฉลาดแกมโกง และลักพาตัว เบน (เอียน บลิส) หนึ่งในสมาชิกแห่งกองทัพโฮเวอร์คราฟท์ไป เขามีพลังอำนาจที่เพิ่มพูนขึ้นในทุกวินาที