แมรีเกิดในครอบครัวชนชั้นปัญญาชน มารดาของเธอชื่อ แมรี โวลสโตนคราฟต์ (Mary Wollstonecraft: 1759 – 1797) นักเขียนหญิงผู้เรียกร้องสิทธิสตรี เจ้าของผลงาน A Vindication of the Rights of Woman (1792) ส่วนบิดาคือนักปรัชญาการเมือง วิลเลียม ก็อดวิน (William Godwin: 1756 – 1836) ผู้เป็นต้นกำเนิดของลัทธิอนาธิปไตย โศกนาฏกรรมแรกในชีวิตเธอเกิดขึ้นก่อนเธอจะจำความได้ มารดาของเธอเสียชีวิตหลังให้กำเนิดเธอด้วยอาการติดเชื้อ บิดาเองก็แต่งงานใหม่ ด้วยความที่แมรีไม่ถูกกับแม่เลี้ยงคนใหม่ การแต่งงานของวิลเลียมจึงนำแต่ความทุกข์มาเติมเต็ม ทำให้เธอขาดความรักจากผู้ให้กำเนิด และเมื่อถึงคราวที่เธอมีความรัก ความรักของเธอกับเพอร์ซีก็เป็นรักนอกสมรสที่สังคมไม่ให้การยอมรับ
